Prof. Dr. Hakan Hanımoğlu 1994 ile 2001 yılları arasında Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesinde tıp doktoru eğitimini tamamladıktan sonra 2001 ile 2007 arasında İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi beyin ve sinir cerrahisi anabilim dalı uzmanlık eğitimini bitirmiştir. Prof. Dr. Hakan Hanımoğlu 2014 yılında doçentlik, 2019 yılında ise profesör unvanını almıştır.
Prof. Dr. Hakan Hanımoğlu 2001 ile 2007 yılları arasında İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp fakültesinde beyin ve sinir cerrahisi anabilim dalı uzmanı olarak görev aldıktan sonra 2008 ve 2009 yılları arasında Silvan Dr. Yusuf Azizoğlu Devlet Hastanesinde uzmanlık görevine devam etmiştir. 2010 ile 2013 yılları arasında Bezmialem Vakıf Üniversitesinde uzman olarak görev alan Prof. Dr. Hakan Hanımoğlu 2013 ve 2015 yılları arasında ise İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp fakültesinde görevini yerine getirmiştir. 2015 ile 2017 yılları arasında ise İstanbul Biruni Üniversitesi'nde görev alan Prof. Dr. Hakan Hanımoğlu 2017 ile 2019 yılları arasında Koç Üniversitesi Hastanesi'nde görev yapmıştır. 2019 yılından bu yana İstanbul Biruni Üniversitesi ve Memorial Ataşehir hastanesinde hastalarına hizmet vermektedir.