Prof. Dr. Erhun Eyüboğlu tıp eğitimini 1981 yılında İstanbul Üniversitesi Edirne Tıp fakültesinde tamamladıktan sonra genel cerrahi alanındaki uzmanlık eğitimini ise 1986 yılında İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi'nde tamamlamıştır. Prof. Dr. Erhun Eyüboğlu kanser cerrahisi eğitimi için 1986 ile 1987 yıllarında John Hopkins Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde eğitim aldıktan sonra mide kanseri cerrahisi eğitimi için 2010 yılında Tokyo Ulusal Kanser Vakfı Hastanesi'nde eğitim almıştır.
Prof. Dr. Erhun Eyüboğlu 1986 ile 1986 yılları arasında İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi'nde genel cerrahi doçentliği göreviyle bulunduktan sonra 1996 yılından bu yana genel cerrahi profesörü olarak görevine devam etmektedir. Prof. Dr. Erhun Eyüboğlu 2005 ile 2006 yılları arasında İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi'nde dekan görevini yerine getirdikten sonra 2006 ile 2008 yılları arasında İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi'nde cerrahi bilimler bölüm başkanı olarak görev almıştır. Prof. Dr. Erhun Eyüboğlu daha sonrasında 2008 ile 2013 yılları arasında Medical Park Bahçelievler Hastanesi'nde genel cerrahi uzmanı olarak görev aldıktan sonra 2013 ile 2017 yılları arasında Kemerburgaz Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde genel cerrahi anabilim dalı başkanlığı görevini yerine getirmiştir.Prof. Dr. Erhun Eyüboğlu 2017 ile 2018 yıllarından Altınbaş Üniversitesi Tıp Fakültesi dekanı ve cerrahi onkoloji bilim dalı başkanı olarak görev yaptıktan sonra ise 2008 yılında Memorial Bahçelievler Hastanesi'nde obezite ve sindirim sistemi cerrahı olarak görevine devam etmektedir.