Prof. Dr. Fatih Aydoğan tıp eğitiminde 1999 yılında İstanbul Üniversitesi Çapa Tıp Fakültesi’nde tamamladıktan sonra genel cerrahi alanındaki uzmanlık eğitimini 2005 yılında yine aynı fakültede tamamlamıştır. Prof. Dr. Fatih Aydoğan 2002 yılında Massachusetts General Hospital'da meme cerrahisi göğüs cerrahisi ve cerrahi onkoloji alanında görev yaptıktan sonra 2003 yılında Mount Sinai Hospital'da transplantasyon ve meme cerrahisi alanında görev almıştır. Prof. Dr. Fatih Aydoğan daha sonrasında yine 2003 yılında meme cerrahisi göğüs cerrahisi ve cerrahi onkoloji alanı için Memorial Sloan Kettering Kanser Merkezi'nde bulunduktan sonra aynı yıl meme cerrahisi alanında çalışmak için Cornell University Presbyterian Hospital'da görev almıştır.Prof. Dr. Fatih Aydoğan daha sonrasında 2004 yılında Avrupa Onkoloji Enstitüsü'nde görev yaptıktan sonra 2005 yılında National Cancer Institute'de görevine devam etmiştir.
Prof. Dr. Fatih Aydoğan 2005 ile 2013 yılları arasında Cerrahpaşa Tıp Fakültesi'nde meme hastalıkları servisi uzmanı üretim üyesi olarak görev aldı süre içerisinde aynı zamanda 2011 yılında MD Anderson Cancer Center'da genetik ve yüksek riskli hasta bölümünden görev yapmıştır. Prof. Dr. Fatih Aydoğan 2013 ile 2015 yılları arasında Harvard Dana Farber Kanser Merkezi’nde meme cerrahisi onkoloji bölümünde araştırma görevlisi olarak bulunduktan sonra 2015 ile 2017 yılları arasında Cerrahpaşa Tıp Fakültesi'nde öğretim üyeliğine devam etmiştir. Prof. Dr. Fatih Aydoğan 2018 yılından bu yana ise Memorial Bahçelievler hastanesi meme merkezinde meme cerrahı olarak görevine devam etmektedir.